X3550 M2/X3650 M2比它们的上一代X3550/X3650进行了很多改进：
导轨：X3650和X3550的导轨和电缆支架是完全不同的。X3650的导轨还不错，电缆支架不怎么好且笨重，在机柜里如果上方也是X3650，电缆支架的一个部件将无法安装。x3550的导轨就不好用。X3650 M2和X3550 M2的导轨则完全相同是通用的，一个人安装起来非常方便，电缆支架也比较清爽。
CPU：X3650的CPU散热器是2U高度的，x3550的是1U高度的，安装第二颗CPU均需安装电源模块。X3650 M2和X3550 M2的CPU散热器均是1U高度的，X3650 M2的CPU空气挡板将风压缩到1U的高度吹过CPU散热器，安装第二颗CPU均无需电源模块。
远程控制：X3650和X3550的远程控制模块RSA是要单独购买的，X3650 M2和X3550 M2的远程管理模块IMM是标配的，不过如果需要远程KVM和远程软驱光驱的话还要Virtual Media Key，否则就只能看看机器的硬件状态。
硬盘：X3650 M2和X3550 M2已经不在支持3.5英寸的硬盘了，内部结构根本就没有留下空间安装长的3.5英寸硬盘。X3650 M2、X3550 M2和DS3500使用的2.5英寸硬盘托架和X3650、X3550和DS3000的完全不同，不能通用。
电源：X3650的电源是2U高度的，x3550的是1U高度的，两者显然不通用。X3650 M2和X3550 M2的电源则是完全一样的，不过这也造成了X3650 M2电源上方的空间其实浪费了。
ServeRAID：X3650和X3550的标配ServeRAID 8k(-l)是Adaptec OEM的，ServeRAID 8k(-l)的主芯片是在固化在主板上的，可装卸的部分是RAID卡的DIMM内存。X3650 M2和X3550 M2则是在电源后方提供了一个标准的PCI-E x8的插槽插普通SAS卡，标配的ServeRAID-BR10i是LSI SAS 3082E-R，主芯片LSI 1068E，有两个x4 SFF8087 miniSAS接口，仅支持3Gb/s。整体感觉LSI比Adaptec的好用，启动速度快，非RAID成员的硬盘可以直接使用，支持2TB的SATA盘。
SAS背板：X3650无论是3.5英寸还是2.5英寸的盘架，背板上都有一个SAS扩展器芯片(SAS Expander IC)，这样无论是6个盘还是8个盘背板与SAS卡的连接都是一个x4 SFF8087。X3650 M2取消了SAS扩展器芯片(SAS Expander IC)，每四个盘组成一组，每个盘通过背板直接与SAS卡的相连，每个盘均占用x4 SFF8087 miniSAS中的一个通道。
主板：X3650和X3550的主板不同，X3550的内存插槽要少。而X3650 M2和X3550 M2的主板则相同，X3550 M2的扩展性就很接近X3650 M2了。